La diferencia reside en el lugar en el que se generará la clave privada. Si el certificado se solicita en tarjeta, la clave privada no podrá exportarse por lo que se considera un medio más seguro pero con el inconveniente de que no se podrá crear una copia de seguridad. Si se solicita el certificado en el navegador, el certificado podrá exportarse junto con sus claves y por lo tanto se podrá realizar una copia de seguridad.