En las últimas versiones de Thunderbird ya viene instalado este certificado, para versiones antiguas continue proceso.

En Thunderbird, haga clic sobre su cuenta de correo / Ver configuración de esta cuenta.

Dentro de Seguridad pulse el botón "Ver Certificados".

En la pestaña Autoridades, pulse en "Importar" y seleccione el certificado raíz FNMT-RCM que puede descargar desde el apartado de Descarga de certificados raíz